按照来源分类抗菌肽可将其分为6类，下面让我们一起来了解一下吧。
 

　　(1)昆虫抗菌肽 昆虫是种群最大的生物种类，抗菌肽的数量难以估量。现在，仅在鳞翅目、双翅目、鞘翅目和蜻蜓目等8个目的昆虫中发现超过200多种昆虫抗菌肽类物质，仅从家蚕这一种昆虫获得了40个抗菌肽基因。
 

　　(2)哺乳动物抗菌肽 1989年， 从猪小肠中分离到哺乳动物抗菌肽Cecropin P1。目前，从猪中分离出至少18种，绵羊中至少30种，牛中至少30种抗菌肽。人类机体中发现的防御素属于抗菌肽中的一个大家族，根据其氨基酸的空间结构和分泌部位的差别又分为三大类:人α-防御素(humandα-defensin)、人β-防御素(human β-defensin， HβD)、人θ-防御素(humanθ-defensin)[5]，现已发现人防御素达35种以上，其中非常重要的防御素有10种。
 

　　(3)两栖动物抗菌肽 两栖类动物裸露的具多种功能，在皮肤的分泌物中存在的大量皮肤活性肽具有多样的生物学活性，其中大多数多肽类物质均具有一定的抗微生物活性，在进化上是一类非常古老而有效的天然防御物质，往往归为抗菌肽。
 

　　在非洲爪蟾中就有十多种抗菌肽，不仅在皮肤颗粒腺表达，也有存在于胃粘膜和小肠道细胞。在非洲爪蟾皮肤中发现的小分子抗菌肽---爪蟾素(magainins)是较早发现的两栖动物抗菌肽，具有很高的抗菌活性，此后相继发现了多种蛙类抗菌肽。
 

　　据不*统计，目前已经从无尾两栖动物8个属约40多种两栖类动物的皮肤中提取出了数百种抗菌肽，APD数据库中就收录了其中的548种。大量研究发现蛙类抗菌肽具有协同效应，但不同的蛙类抗菌肽很少具有同源性。
 

　　(4)鱼类、软体动物、甲壳类动物来源的抗菌肽 1986年，从豹鳎分离到一种含有35个氨基酸残基抗菌肽Pardaxin是最早从鱼类分离得到的两亲性阳离子α螺旋结构具有穿膜作用的多肽，该肽是离子型神经毒素，由该肽衍生出了一系列具有比蜂毒素抗菌活性更强，溶血活性更低的抗菌活性肽。
 

　　1998年， 报道了鲶(Parasilurus asotus)受伤时上皮粘膜细胞层分泌一种19个氨基酸残基的组蛋白H2A抗菌肽parasinⅠ，具有广谱强抗菌活性，其抗菌活性是蛙皮素mainin 2的12~100倍。目前，从鱼类分离得到49种以上抗菌肽。防御素是贻贝等海洋软体动物的重要抗微生物肽，迄今发现的贻贝防御素根据其初级结构、性质和共有的半胱氨酸序列分为Defensin、mytilin和myticin 3种。虾经细菌感染后可诱导多种基因表达，其中含有多种抗菌肽基因。自1997年报道甲壳动物抗菌肽氨基酸全序列以来，从甲壳类动物如对虾血细胞中分离出多种抗菌肽。
 

　　(5)植物抗菌肽 植物中也存在一些结构上与昆虫、哺乳动物防御素结构相似的植物抗菌肽，称为植物防御素。大多数植物抗菌肽对植物病原具有良好活性，部分植物抗菌肽对革兰氏阳性菌、阴性菌、真菌、酵母及哺乳动物细胞均有毒性。Thi-onins是最早从植物中分离的抗菌肽。
 

　　(6)细菌抗菌肽 细菌抗菌肽又称细菌素(bacteriocin)，包括阳离子肽和中性肽，革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌均可分泌。细菌中已发现的抗菌肽有杆菌肽(Bacitracin)、短杆菌肽S(Gramicidin S)和乳链菌肽(Nisin)4种类型。
 

　　目前，APD数据库中就收录的细菌素有119种，其中乳酸链球菌肽nisin是由乳球菌产生的含3~4个氨基酸残基的短肽，它是一种耐酸性物质，即使在胃这样低pH环境中稳定性也很高，能抑制革兰氏阳性菌如梭状芽孢杆菌和李氏杆菌。Bacillus spp.产生的杆菌肽mersacidin对"超级耐药菌"---耐甲氧西林葡萄球菌(MRSA)具有良好的抑制作用，通过腹腔给药可以清除MRSA感染小鼠血液、肺、肝、肾、脾等脏器中的细菌，并且对小鼠各器官没有造成明显的损害。